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Folding@home 에 관하여 .Pande group의 연구는 단백질, RNA 및 기타 합성 고분자 물질의 접힘 현상을 이론적으로 규명하는 데 촛점을 맞추고 있습니다. 이를 위해 ensemble dynamics 방법을 개발하였으며, Folding@home 프로젝트의 클라이언트 및 서버 프로그램을 작성하였습니다
연구비 지원 저희 Folding@Gome 연구를 도와주신 여러 회사와 연구비 단체들에게 심심한 감사를 표합니다. The implicit solvation(Tinker) 관련 연구는 NIH (R01GM62868-01A2)의 연구비를 받았습니다. 다른 force field 간의 비교연구는 ACS PRF (36028-AC4)의 지원으로 가능합니다. 고등학교 학습 자료 는 NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677)의 연구비 지원으로 만들어졌으며, 이를 위해 Freedom 고등학교의 Tug Sezen선생님이 여름방학 동안 저희 연구실에서 Folding@Home을 이용한 고등학교 교육용 자료를 만드셨습니다.
구글 계산 프로그램
을 통하여 저희에게 도움을 주신 구글(Google) 관계자 여러분께 감사드립니다.
인텔의 자선 P2P 프로그램의 도움도 감사드립니다.
OS X용 클라이언트와 Gromacs프로그램 개발에 꾸준한 도움을 주신 strong>애플 컴퓨터 관계자께 감사드립니다.
마지막으로 초고속 인터넷(인터넷 2)프로그램, Office of Technological Licensing,
그리고 Pande 교수에게 지원되는 Terman Fellowship
을 제공하신 스탠포드 대학교 관계자들께 심심한 감사를 표하고자 합니다.
현재 Gromacs에 관련된 일을 도와주실 분을 찾고 있습니다.
(즉, 구체적인 물분자를 이용한 단백질 접힘 연구) Folding@home 프로젝트에
Cosm 프로젝트는 핵심적인 역할을 하였습니다. Cosm 프로젝트는 네트워크
관련 라이브러리와 같은 서버 및 클라이언트 프로그램 작성의 기본적인
도구들
(Mithral CS-SDK) 을 제공하여
주었습니다. Adam Beberg는 Cosm의
주 개발자이며, 다른
프로그래머들의 참여도 있어왔습니다. Folding@home 의
단백질 동력학 계산 부분은 TINKER 프로그램에
기반하고 있습니다.
이 프로그램은 Jay Ponder's lab (Dept. of
Biochemistry & Molecular Biophysics located at the Washington University School
of Medicine in St. Louis, Missouri.)에 의해 개발된 강력한 분자동력학 계산 프로그램입니다.
이후에 계속될 이 프로그램의 개발, 특히 계산 속도의 향상은
앞으로 Folding@Home의 발전에 많은 영향을 줄 것으로 기대되고 있습니다.
자세한 사항은 Ponder group site에
소개되어 있으며, Tinker 프로그램을 사용하고 싶은 경우 사용자
동의서를
읽고 서명 됩니다. We have recently incorporated
and heavily modified the Gromacs molecular simulation package for
Folding@Home. We are continuing to work with the Gromacs developers
to further improve Gromacs. For more details, see our Gromacs
page. Folding@home과
함께 하는 박사후 연구원 과정 안내 Pande Group은 Folding@home 및 관련
분야에서 일할 C, Fortran, Perl, HTML 및 Linux에 경험이 있으며, 생체
분자에 관한 시뮬레이션 관련 연구에 흥미를 갖고 있는 물리학, 화학, 구조 생물학 또는 관련 분야의 박사 과정
소지자를 찾고 있습니다. 자세한 사항은 영문
페이지를 참조하십시오.
Folding@Home의 로고는 유전자의 서열에 코딩된 단백질 서열로부터 단백질의 구조를 밝히려는 그룹의 연구 목표의
상징입니다. 로고의 왼쪽에 있는 이중 나선은 DNA의 이중 나선을 표현하고 있으며 오른쪽으로 향하는 화살표는 단백질의
beta구조를 연상시키는 단백질 구조의 상징입니다. 위의 로고를 최근에 아래로고로
바꾸었습니다. Mark Lowe님께 로고와 웹디자인
도움을 주셨습니다. 현재 Space-filling, ball-and-stick, wireframe, and alpha-trace과 같은
네가지 양식의 구조 표현이 가능합니다. Ball-and-stick에서 각각의 공들은 원자를 나타내며, 막대는 원자들
사이의 결합을 나타냅니다. Space-filling에서는 각각의 큰 구들이 원자를 나타내며, 구의 크기는 원자의 대략적인
크기와 일치합니다. Wireframe에서는 원자들 사이의 결합만이 표현되며, 결합을 표현하는 선 사의의 꼭지점이 원자의
위치를 나타냅니다. 위의 세가지 양식에서 탄소 원자는 짙은 회색, 수소는 밝은 회색, 산소는 빨강, 질소는 파랑, 그리고
황 원자는 노란색으로 표현됩니다. Alpha-trace 양식에서는 각각의 아미노산을 하나의 탄소원자(alpha-carbon)만으로
나타내어 전체적인 단백질의 윤곽을 강조합니다. |
