Simulations sur Villin

Villin est une protéine alpha-hélicoïdale résidu 36. Elle a été beaucoup étudiée de façon expérimentale et par simulation parce qu'elle est certainement une des plus petite protéine et des plus rapide à se replier. Elle a un core (noyau) hydrophobique composé de 3 phenylalanines, mais aussi de deux groupes hydrophobiques (un tryptophane et l'autre phenylalanine) mais qui sont "solvent exposed" (pour des raisons fonctionnelles). Duan et Kollman ont simulé 1 microseconde de temps MD au cours d'une simulation "ground breaking". Cependant, le temps de repliement étant de l'ordre de 10 microsecondes, il n'est pas surprenant qu'ils ne l'aient pas vu se replier. Nos simulations contiennent des centaines de microsecondes de temps MD, et nous avons vu 35 simulations qui montrent le repliement. Ci-dessous, nous détaillons la trajectoire d'une de ces simulations.

Animations MPEG

Nous avons différentes tailles d'animations pour s'adapter aux différentes bandes passantes. Choisissez votre taille s'il vous plait :

Une vision plus détaillée à partir de schémas individuels

Schémas à partir de la trajectoire d'un repliement de villin. Vous pouvez cliquer sur une image pour obtenir une vue agrandie.