26/08/2002 Problèmes sur Gromacs et overclocking
Il semble qu’il reste encore quelques problèmes à régler avec les unités de travail Gromacs et les CPUs overclocked. Gromacs malmène assez durement ces CPU et apparement jusqu’au point où le numérique fonctionne mal. Nous travaillons pour trouver des solutions. Pour l’instant le core Gro va désactiver ses optimisations SSE dès lors qu’il rencontre des problèmes d’instabilité. Il est intéressant d’avoir les optimisations SSE (elles permettent une performance deux fois plus grande) mais obtenir les bonnes réponses est la chose la plus importante.

21/08/2002 Page sur le statut des serveurs
Nous insérons une nouvelle page sur le statut des serveurs à http://folding.stanford.edu/serverstat.html. Elle donne plusieurs statistiques pour dire si un serveur marche ou pas. Elle se réactualise toutes les 10 minutes et se rafraîchit automatiquement.

17/08/2002 Problèmes avec les unités de travail Gromacs
Il y a eu quelques problèmes avec les unités de travail Gromacs. En particulier pour les utilisateurs qui sont sur AMD K6’s ainsi qu’avec ceux qui redémarrent le core fréquemment. Guha a trouvé comment régler chacun des problèmes et de nouveaux cores Gromacs devraient être sortis lundi ou mardi.

16/08/2002 Nouveaux serveurs en ligne
Nous avons ajouté des nouveaux serveurs (.108, .109, .119). Ils devraient aider au chargement du réseau. Nous avons également déménagé nos serveurs pour être complétement déconnectés du principal central de Stanford. Cela devrait aider pas mal. C’est le bon moment parce que F@H continue à grandir et a dépassé les 40 000 CPU actives récemment.

12/08/2002 Les unités de travail Gromacs ont l’air d’être bonnes -- Premières protéines repliées !
Les résultats de Gromacs ont l’air très bons. Nous les avons fait tourner en interne depuis des mois et en externe sur F@H/Linux pendant des semaines, puis sur Win32 depuis quelques jours (en sortie limitée) et les données ont l’air vraiment très bien. Le projet 902 en particulier a été plié ! Si ça continue d’être aussi bon, nous travaillerons sur des protéines plus grosses et plus intéressantes. En premier lieu, vous verrez vraisemblablement de vieilles connaissances revenir sur le tapis pour des tests (villin et BBA5 certainement) ainsi que des peptides Abeta de la maladie d’Alzheimer et des peptides de celle d’Huntington ("poly-Q"). Si ça fonctionne, nous nous mettrons sur de plus grosses et plus intéressantes protéines que nous ne pouvions envisager avec le core de Tinker. Nous sommes plutôt excités par tout ça !

26/07/2002 Les pages Education sont là
Tug est revenu de Freedom High School, du coup le premier brouillon des pages éducation ont été intégrées. Comme il utilise F@H dans sa classe, il fera des changements pour les améliorer et ajouter du matériel pédagogique. L’intention de départ est de destiner ces pages aux enseignants de lycée et à leurs élèves mais en fait il y a une telle quantité d’informations qu’elles peuvent intéresser beaucoup d’autres personnes. Merci à Tug pour avoir concrétisé le projet !

24/07/2002 PSC pour sauvegarder (et héberger) les données de F@H
Nous avons travaillé pour mettre cela en place depuis un moment déjà et ça arrive enfin à l’instant : nous sauvegardons les données F@H au PSC (Pittsburg Supercomputer Center). Le problème a été énorme pour nous pendant un bon moment parce que F@H génére plusieurs terabytes en l’espace d’une année.

À court terme, le PSC va servir de site de sauvegarde en assurant la sécurité des données. À long terme, nous travaillerons avec le PSC pour rendre les données accessibles aux autres chercheurs et en principe à n’importe qui qui souhaiterait y avoir accès. N’envisagez pas cette partie là immédiatement -- ça va prendre un moment pour faire uniquement la sauvegarde des données -- mais dès que des articles seront publiés, nous mettrons les données brutes dans le domaine public aux vues et us de tous (selon le modèle PDB). Nous ne pourrions pas le faire sans le PSC vu la quantité IMMENSE des données (terabytes), nous n’avons tout simplement pas les moyens de les rendre accèssibles au public (bien que je me sois laissé dire qu’il n’est pas si gros ce centre de super ordinateur).

Je pense que F@H se positionne ainsi de manière très différente des autres projets de calculs distribués -- pas seulement parce que nous publions les résultats dans des journaux scientifiques mais aussi parce que nous allons les rendre accessibles. Encore une fois, je souligne que la seuvegarde en elle-même va prendre un certain temps (quelques mois peut-être) vu que nous avons un important backlog de fichiers et que l’archiveur du PSC met un certain temps pour stocker les fichiers (et ça prend de toute façon un moment pour sauvegarder plusieurs terabytes par internet...). Cependant quand ce sera fait, la diffusion publique des données ne sera pas longue à venir.

23/07/2002 Le Forum sera interrompu le temps du transfert d’hébergement
WW m’a demande de vous faire passer l’info. WW va transférer son site pour hismanager le serveur cette semaine. Cela peut causer 4 heures d’interruption voire plus longtemps. Si, soudainement, vous ne pouvez plus aller sur le site c’est pour cette raison. Le transfert n’est pas instantanée malheureusement en raison de la façon dont on le met en œuvre. Acceptez mes excuses pour toute interruption, nous serons de retour aussi vite que possible.

21/07/2002 client/serveur Cosm toture test : sortie du code
Nous vous avions dit que notre code de serveur (basé sur Cosm) avait eu quelques problèmes. Adam a sorti une version stripped down du code client/serveur pour ceux qui sont intéressés. Vous pouvez le trouver à http://folding.stanford.edu/tt. Si vous êtes très familiarisé avec les codes de serveur web, nous aimerions comprendre ce qui ne va pas avec le code HTTPD (lisez le fichier info.txt pour plus de détails), autrement dit pourquoi il ralentit après avoir pris un heavy beating. Réparer cela aiderait F@H et tous les autres projets de calculs distribués qui utilisent Cosm en ce moment ou qui pourraient le faire à l’avenir.

17/07/2002 Docs ajoutés à la verion console
La version console (au départ simple à utiliser) présente des caractéristiques que nous avons ajoutées plus complexes désormais. Nous avons ajouté quelques informations sur son mode d’utilisation à http://folding.stanford.edu/console-userguide.txt.

16/07/2002 Les 3 millions d’unités de travail dépassées !
F@H a dépassé les 3 millions d’unités de travail (depuis notre passage à 2.0 -- sans compter les 1.x WUs). Félicitations à tous ceux qui ont apporté leur aide !

04/07/2002 De nouvelles protéines !
Nous avons sorti beaucoup de nouvelles protéines. Il y a un entrefilet sur les pages projets, nous serons bientôt plus prolixes.

03/07/2002 Achevement de la première partie de la révision du système des statistiques
Nous avons ajouté beaucoup de caching au système des statistiques, les pages se téléchargent donc maintenant beaucoup plus rapidement. Avec l’été qui arrive, nous allons faire d’autres changements sur le système de statistiques (des nouvelles options qu’on nous a demandées).

01/07/2002 Révision du système des statistiques
Nous commençons à regarder comment réviser le système des statistiques pour le rendre plus rapide. Les premiers changements ont d’abord été d’ajouter du cache aux pages utilisateurs. Nous ferons en sorte qu’il y ait d’autres modifications d’ici l’été. Le but est d’accélérer le système de façon notable.

24/06/2002 Retour de voyage
Je reviens de voyage. Beaucoup de choses se sont passées ici. Nous testons le core Gromacs pour Win32 en interne ainsi que la nouvelle version du client qui permet de choisir le projet (F@H ou G@H) directement et simplement. D’autres nouvelles quand nous sortirons tout ça.

14/06/2002 Folding@Home 3.0 arrive
La version 3.0 du client est désormais terminée, on peut la trouver sur la page Télécharger . Ce client est essentiellement 3.0b5 sans le killswitch. Merci à tous les bêta testeurs qui nous ont aidé à débrouiller tout ça. Le nouveau client a de nombreux avantages, dont beaucoup de bugs éliminés. Il nous permet en particulier d’utiliser le port80 et donc nous devrions pouvoir passer par beaucoup plus de firewalls.

14/06/2002 On commence les tests externe du core Gromacs
Guha a terminé le port du core Gromacs core pour windows et nous testons maintenant les Grocores Win et Lin. Certaines personnes pourront les voir apparaître. Sur le côté de la fenêtre, le GUI n’est pas fini. Vous voyez une image de la protéine alors qu’elle se replie, le nom est réparé sur "Gromacs" mais la fraction terminée ne marche pas encore. Nous voulons faire des tests scientifiques et en finir avec ces derniers points peu esthétiques puis nous le sortirons à grande échelle.

10/06/2002 Nouvelles modifications sur le serveur de distribution (assignment server)
Nous avons modifié le serveur de distribution pour obtenir une meilleure rotation parmi les utilisateurs exclus par des serveurs interrompus. Espèrons que ça arrange les choses.

09/06/2002 Sortie de Folding@Home 3.0 beta 4
Vous pouvez vous procurer une copie à http://folding.stanford.edu/beta3. Notez qu’il y a encore une expiration à 2 semaines. Nous sortirons certainement la version finale de 3.0 plus tard dans la semaine.

07/06/2002 Serveur .112 : interruption
Nous faisons des réparations sur les fichiers du système .112. Le serveur sera arrêté pendant un jour ou deux.

04/06/2002 Nouveau site de forum ?
Des gens ont demandé quel forum nous utilisons (dans la section Aide). Nous répondons généralement aux questions sur http://forum.folding-community.org, et pas sur les pages Yahoo. Inscrivez vous sur le nouveau forum -- bien meilleur que sur Yahoo (pas de publicité, etc). Certains ont demandé si nous (le groupe Pande) ferions notre propre forum. Je ne suis pas pour (notre boulot, c’est de faire avancer la science, pas de gérer des forums) et si nous avons un bon forum qui marche (celui de Yahoo n’était pas si mauvais et le nouveau forum est vraiment bien), nous ne ferons pas le nôtre. Si l’hébergement du nouveau forum devenait un problème, nous pourrions l’héberger mais je préfererais éviter cette solution.

25/05/2002 Juste de retour de TR100
Je rentre juste du meeting TR100. C’était une conférence très bien et c’était intéressant de rencontrer d’autres nominés.

21/05/2002 Sortie du client Folding@Home 3.0 bêta (pour linux et Win32)
Vous pouvez télécharger les versions Bêta à http://folding.stanford.edu/beta3. Il y a des versions bêta pour linux et windows. Comme ce sont des versions bêta, elles ont des dates d’expiration (4 juin 2002). D’ici là, nous aurons d’autres versions bêta ou mieux une version définitive. Envoyez vos commentaires sur les versions bêta sur le forum (http://forum.folding-community.org).

20/05/2002 Folding@Home 3.0
Nous allons bientôt sortir les versions bêta pour le client 3.0. Vous pouvez en savoir plus sur nos pages FAQ 3.0. J’espère que vous sortirons les clients version bêta aujourd’hui mais il se peut que ce ne soit possible que plus tard dans la semaine. Contrairement au passage de 1.0 à 2.0, celle-ci ne sera pas un si grand changement et il n’y aura pas de changement dans le système des statistiques. Si vous êtes contents du client 2.0, conservez le pour l’instant. Allez voir les FAQ pour plus d’infos.

16/05/2002 Server .111 arrêté pour maintenance
Le serveur .111 a été interrompu aujourd’hui. Son filesystem (Reiserfs!) a été corrompu.

15/05/2002 Folding@Home honoré par MIT TechReview Top100 Innovators Under 35
TechReview a annoncé ses TR100 pour 2002 et nous (le projet Folding@Home et moi [Vijay]) avons été nommés !

13/05/2002 Le serveur de distribution (Assignment server) interrompu (11H00 PST)
Nous faisons des modifications sur le serveur AS et avons besoin de l’arrêter pour un court moment. Nous essayons de minimiser la durée d’arrêt. Les clients devraient aller par défaut sur leur ancien serveur IP assignment, ce ne sera donc un problème que pour les nouveaux clients.

08/05/2002 Nouvelles unités de travail pour étudier la maladie d’Huntington
Nous sortons de nouvelles unités de travail (projets 503 et 504) pour étudier la maladie d’Huntington. En un sens, cette maladie est similaire à celle d’Alzheimer qui implique aussi le repliement anormal. Ce qui est différent avec la maladie d’Huntington c’est qu’elle implique un repliement anormal d’un homopolymeric repeat de glutamines (Q). Ces grands (40-60) poly-Q répètent le repliement anormal, s’aggrègent et ont ensuite des conséquences malsaines. Comme pour notre travail sur la maladie d’Alzheimer, nous cherchons à comprendre le repliement anormal associé à la maladie d’Huntington. Pour de plus amples informations sur cette maladie, visitez un très bon site (qui se trouve être sur Stanford) appelé HOPES à http://www.stanford.edu/group/hopes/index.html.

03/05/2002 Nouveaux codes scientifiques pour Folding@Home
Nous publierons plus d’informations sur le nouveau core très bientôt (vendredi prochain probablement). Nous sommes toujours en train de faire des tests en interne mais jusqu’à maintenant ça se présente bien. Plus d’infos dans une semaine...

02/05/2002 Le nouveau Core Win32 est lent !
Young Min s’en est aperçu tôt dans la journée, lui et Michael travaillent pour comprendre pourquoi (1) et pour y remédier (2). Il semble que notre passage sur le nouveau compileur Intel Fortran conduit à ce ralentissement. Nous sommes revenus sur l’ancienne version et avons reconstruit le core. Nous ferons d’autres tests en interne pour voir ce qui se passe et allons en discuter avec les membres de Intel compiler.

01/05/2002 Nouveau Core Win32
En fait, c’est un core scientifique pas complètement nouveau, nous avons discuté de ça auparavant, mais il apporte beaucoup de nouvelles fonctionnalités. Par conséquent, le core est plus gros, et donc, se télécharge plus lentement.

30/04/2002 Nouvelle version du client Mac OS X (2.20)
Allez voir http://folding.stanford.edu/download.html . Changements : Quitter à partir du bureau fonctionne maintenant parfaitement. Ce sera surement le dernier client 2.x OSX, autant que nous le sachions, il n’y a plus de bugs remarquables. Des gens ont mentionés un problème d’"écran blanc". L’ "écran blanc" apparaît sur les machines qui n’ont pas de support accélérateur OpenGL. La version 2.20 pour Win32 sortira bientôt. Nous avons mené une véritable danse des réparations de bugs pour la mise en réseau et les graphiques.

25/04/2002 Nouveau forum
Allez voir http://forum.folding-community.org. C’est un nouveau forum mis en place par des membres de la communauté (pas de Stanford). Si un assez grand nombre de gens l’apprécient, nous l’échangerons avec notre page des groupes yahoo.

24/04/2002 Nouvelle Page Projet
Beaucoup la réclamait, Michael et le gang l’ont donc faite. Nous l’avons mise à http://folding.stanford.edu/psummary.html. Elle est liée à la page Résultats (comme une page projet résumée) et à la page statistiques. Cette page raconte ce qui se passe aujourd’hui sur les serveurs et est actualisée quotidiennement en se branchant directement sur les serveurs et en voyant ce qu’ils font réellement tourner. Cette page comprend l’ID# du projet, le nom de la protéine (tel qu’il apparaît sur le client), la taille de la protéine, la date limite, le crédit, et un lien sur notre page de description du projet.

23/04/2002 L’histoire dans le New York Times
Folding@Home et Genome@Home ont été cités en première ligne dans un numéro récent du New York Times dans l’article "Supercomputing ’@Home’ Paying Off for Other Research". Vous devez vous enregistrer pour le lire mais c’est gratuit.

19/04/2002 Nouveau core scientifique pour Folding@Home
Nous travaillons avec de nouveaux collaborateurs pour développer et intégrer le nouveau code des dynamiques moléculaires dans Folding@Home. Ca devrait vraiment accélérer les calculs -- pour certains, parfois jusqu’à 20x. Nous faisons toujours des évaluations des unités de travail pour les associer à des points basés sur le temps CPU. Mais nous aurons beaucoup de choses à venir avec ce temps CPU. En fait, nous utilisons ce qui s’avère être le code MD le plus rapide sur la planète. Il y aura d’autres développements sur ce fameux réappareillage de notre backend d’analyse et des tests bêta de la partie scientifique, nous sommes déjà très enthousiastes. Nous sommes impatients de faire des tests bêta la semaine prochaîne ou la suivante et si tout va bien, les versions seront sorties dans 2 à 4 semaines. Les utilisateurs n’auront pas besoin de faire quoique ce soit puisque tout est dans le core scientifique. Cependant, nous vous donnerons plus de détails sur tous ces développements quand nous serons plus proche de la sortie. Cette augmentation de la vitesse va nous permettre de nous attaquer directement aux problèmes que nous ne pouvions aborder auparavant !

16/04/2002 Rencontre intéressante de l’ UIUC
J’ai eu une rencontre très intéressante avec les chercheurs de l’UIUC (d’autres adeptes de la simulation ainsi que nos collaborateurs d’expérience actuels) qui font un travail proche du nôtre et ont de très bonnes idées. Il semble également (pour moi au moins) que nos résultats de repliement ont été bien accueillis. Nous commençons à mettre en place de nouvelles collaborations qui devraient être toutes aussi intéressantes.