Folding@home PS3 FAQ

Inhoudsopgave

Introductie

Sinds 2000, Folding@home heeft (FAH) geleidt tot behoorlijke sprongen in mogelijkheden tot moleculaire simulatie. Door het aansluiten van honderd duizenden computers van over ge hele wereld, konden er gezamenlijk calculaties gemaakt worden die vroeger als onmogelijk beschouwd werden en nu een routine zijn geworden. FAH heeft als doel gesteld de studie van eiwitten en eiwit misvouwende ziektebeelden en vele wetenschappelijke voordelen zijn tot stand gekomen door het project.

Gestart in 2006, begonnen wij verder vooruit te kijken richting een andere belangrijke stap voorwaarts in mogelijkheden. Deze vooruitgang bestond uit het toevoegen van de nieuwe Cell processor van Sony's PLAYSTATION 3 (PS3) bij de al bestaande vouwings mogelijkheden.

Om dit te bereiken was vroeger onze kracht alleen mogelijk met supercomputers. Met de nieuwe technologie (samen met de nieuwe voordelen van de GPU's), zal het mogelijk gaan blijken te zijn om een snelheid van 20 GigaFLOP per computer te gaan halen. Met ongeveer 50,000 van zulke machines, Zouden wij in staat gesteld worden prestaties te benaderen van de PetaFLOP schaal. Met de nieuw software van Sony, Zal de PlayStation3 het Folding@home project, gaan stuwen naar nieuwe records en een grote stap vooruit blijken te kunnen maken. Mede dankzij de bijdrage van Sony en de GPU's is de eerste 1 Petaflop bereikt en momenteel staat de teller rond de 4 petaflops! (Okt 2008) De eerste Petaflop bracht ons allen een vermelding in het Guinness Book of Records (uitgave 2008)

Met deze computer vooruitgang, gekoppeld aan nieuwe simulatie-methoden om deze vorderingen verder vooruit te brengen, zijn wij beter in staat om deze computer technologie toe te passen. Wij zullen hierdoor nog grotere vooruitgang in onze kennis omtrent van het vouwen boeken, en daardoor de (mis)vouwings ziektes beter kunnen begrijpen, zoals oa deze ongeneeslijke ziektes: De Ziekte van Alzheimer, De Ziekte van Huntington, Parkinson, Kanker en de vele hieraan gerelateerde ziektebeelden.

Om te beginnen

Hoe krijg ik een kopie van Folding@home voor mijn PS3?

Als je een PS3 systeem versie 1.6 of nieuwer hebt, zal je een Folding@home icoon in de Netwerk-kolom zien van de XMB (PS3 menu). Klik daarop en dat is het. Als je een eerdere versie dan de 1.6 hebt, doe dan een systeem update. (momenteel al op versie 2.5 (okt. 2008)

Welke iconen doen wat?

Druk op het vierkantje om te zien wat de andere mogelijkheden zijn.

Hoe lang zal het gaan duren voordat ik een Werkunit (WU) klaar heb?

We hebben PS3 WU's samengesteld, die ongeveer 8 uur nodig hebben om te voltooien. De logica hierachter was, om te verzekeren dat de PS3 alleen 's nachts zou kunnen draaien, en daarmee toch een goed resultaat zou neerzetten. Wij zullen deze verwerkingstijd korter gaan maken in de toekomst, om het gemakkelijker te maken voor de PS3 donors. Zij kunnen dan zelfs hun machine af en toe gaan inzetten om toch een nuttig resultaat te bereiken.

Hoe lang heb ik de tijd om een WU af te maken?

Bedenk, dat Werk Units (WU's) "verlopen" na een zeker tijdsperiode. Dit betekend dat na een bepaalde verstreken tijd, als de WU dus niet is geretourneerd, de server dan reageert met een nieuwe uitgifte van de betreffende WU. Dit is noodzakelijk omdat de toekomstig beschikbaar komende WU's afhankelijk zijn van de huidige resultaten. Dus geven we het werk opnieuw aan een andere donor, ter completering. De tijd voor bewerking van een PS# WU is kort (8 uren), dus de deadline is daardoor ook kort (2 dagen).

Welke type-calculaties zijn het beste geschikt voor de PS3?

De PS3 draait nu, wat ook wel genoemd wordt "implicit solvation calculaties", inclusief een paar eenvoudige (sigmodal dependent dielectric) en een paar ingewikkeldere (AGBNP, een soort van Generalized Born methode van Prof. Ron Levy's groep van Rutgers). In velerlei opzichten is de PS3 cliënt gelijk aan de GPU cliënt. Hoewel, de PS3 cliënt veel flexibeler is, bv doordat het ook: "explicit solvent" berekeningen kan gaan maken. Wij werken nu aan de mogelijkheid om de snelheid te kunnen verhogen van de "explicit solvent" voor de PS3 om hierna deze berekeningen ook op de PS3 te kunnen gaan draaien. In een notendop, de PS3 houdt het midden tussen de extreme snelheid van GPU's (videokaarten) , maar zijn gelimiteerd in het aantal verschillende werkunits ten opzichte van de CPU's(processors) dus minder flexibeler in WU's soorten.

Kan ik mijn naam en teamnummer wijzigen?

Druk op de driehoek in de "visual cliënt" ter wijziging van uw gebruikersnaam en teamnummer.

Hoeveel stroom wordt er gebruikt als ik de PS3 constant laat draaien?

Het originele PS3 model gebruikt ongeveer 200 Watt als Folding@home gedraaid wordt. Het latere type(met een 40GB hard disk)zal ongeveer 115Watt gebruiken.

Is het veilig om de PS3, 24x7 aan te laten staan?

Ja geen probleem. Wij hebben verschillende PS3's in ons lab, die ALTIJD, zonder onderbreking aan staan en hebben er goede resultaten mee. Sony ontwikkelde de FAH cliënt om op de PS3 te kunnen werken en ondersteund het volledig.

Statistieken, Punten en andere zaken

Wanneer zullen mijn punten worden opgenomen in de statistieken?

Het kan 1-2 uur duren nadat de WU is ontvangen en de punten in de database zijn opgenomen. Normaal gesproken updaten wij elk uur, maar gedurende periodes van grote drukte, kan het soms iets langer duren.

Hoe wordt het aantal actieve machines berekend?

Ons probleem , wat centraal staat in het gedistribueerd verwerken, is de berekening van hoeveel computers er actief deelnemen aan het project. Veel andere projecten geven het aantal systemen weer, bijvoorbeeld het aantal computers die ooit aan de berekeningen hebben deelgenomen. Deze manier van tellen geeft natuurlijk een over-gewaardeerd beeld van de huidige kracht van het betreffende project.

In plaats hiervan, berekenen wij het aantal "actieve" cliënten, met andere woorden machines die recentelijk werk hebben geretourneerd. Actieve PS3's worden gedefiniëerd al diegenen die de laatste 2 dagen werk hebben ingeleverd. Dit is een veel kortere tijdsspanne dan welke wij hanteren voor gewone CPU (processor) cliënten, omdat bij de PS3 cliënt WU deadlines veel korter zijn dan 2 dagen. Hoewel, omdat we weinig communiceren met de cliënt software (niet vaker dan om de 8 uur), is het lastig om precies te weten hoeveel machines er draaien en deze aantallen worden het best gebruikt om de kracht van ons netwerk te berekenen

Hoe worden de FLOPS berekend?

Mensen gebruiken vaak het aantal van "floating point operations per second (FLOPS)" als een metriek voor de de snelheid van een computer. Een vraag die zich dan voordoet is dan: hoe de machines met een totaal verschillende architectuur te vergelijken? In het bijzonder, wat heeft maar een paar berekeningen nodig(of zelfs een enkele berekening) op een machine ten opzichte van een machine de veel berekeningen doet. Klassieke voorbeelden zijn evaluaties van functies als de exp(x) of sin(x). Op GPU en Cell hardware, functies zoals deze kunnen vaak erg snel berekend worden, zeg maar in een "cycle", terwijl dit vaak geteld wordt als 10-20 verwerkingen voor andere machines.

Wij nemen een conservatieve houding aan in relatie tot FLOP berekeningen, rendering hoeveelheden zoals exp(x) or sqrt(x) als een enkele FLOP, mits de hardware het ondersteund. Dit kan de FLOP telling behoorlijk onderschatten. (terwijl anderen een exp(x) als 10 or 20 FLOPS zouden tellen, bijvoorbeeld). Anderen hanteren een een veel conservatieve handelswijze en wij overwegen de twee manieren ter calculatie.

De ideale vergelijking zou zijn om Folding@home op de supercomputer zelf te kunnen draaien om de snelheid ervan te testen. Bij deze soort van vergelijking, zou FAH would het waarschijnlijk erg goed doen, en we zijn de mogelijkheden aan het onderzoeken om zo'n vergelijking te realiseren, wij veronderstellen dat veel mensen hierin erg geïnteresseerd zullen zijn.

Hoe worden de FLOPS per cliënt berekend?

Wij willen benadrukken dat men niet het het aantal huidige "TFLOPS" moet delen door het aantal "actieve cliënten" om te benaderen hoe de hardware presteert ,qua snelheid, zonder onderbreking. Denk dan aan donorst die een pauze inlassen voor hun FAH cliënt (om een spel te spelen of een film te kijken enz.) zij vergroten dan de tijd tussen ontvangst van de WU en het weer inleveren ervan. Deze acties verlagen dan de FLOPS waarde, omdat er meer tijd nodig was om het reslultaat tot stand te brengen.

Het schijnt dat de PS3 meer dan 10X zo krachtig is als een gemiddelde PC. Waarom krijgt hij dan ook niet 10x zoveel punten?

We berekenen de punten gebaseerd op zowel snelheid alsook de flexibiliteit van de cliënt. De GPU (Videokaart) cliënt is nog steeds de snelste, daarentegen is het ook de minst flexibele en kan deze maar een een klein aantal verschillende WU's aan. Dus zijn de punten ook niet lineair evenredig ten opzichte van de snelheidsverhoging. De PS3 neemt dus de middenpositie in tussen de videokaarten(GPU's) en de processors(CPU's),minder snelheid, maar flexibeler qua types werkunits.

De PS3 verslaat alle andere FAH cliënt types. Zal ik dan maar stoppen met mijn huidige PC/GPU/... FAH cliënten?

NEEN, aub doe dat nu maar niet. De andere cliënten zijn ook zeer waardevol voor ons en wij hebben voor een puntwaarderings-systeem gekozen wat de waarde weergeeft van bijdrage van elk specifiek platform aan ons wetenschappelijk onderzoek. Bijvoorbeeld, de SMP cliënt heeft erg belangrijk wetenschappelijk werk geproduceerd en blijft ook zeer belangrijk werk voor ons doen. Daarom is het van wezenlijk belang om machines te hebben die veel verschillende eigenschappen en functionaliteit hebben. Deze combinaties stellen ons in staat, door de verschillende hardware, verschillende mogelijkheden qua rekenwerk met een zo groot mogelijk prestatie niveau te benutten en stelt ons ook in staat, maatwerk te creëren.

Visualisaties

Hoe verhoudt zich de PS3 visualisatie ten opzichte van andere FAH cliënten?

De PS3 cliënt ondersteund vergevorderde visualisaties mogelijkheden. Terwijl de Cell micropro de meeste van de calculatie processen uitvoerd van de simulatie, de grafische chip van het PLAYSTATION 3 systeem (dee RSX) vertoond het actuele folding proces in real-time(live dus)met gebruikmaking van de nieuwste technologieën gebruikmakend van bv HDR and ISO oppervlakte rendering. Het is mogelijk om de 3D ruimte met behulp van de controller van de PS3 te besturen om het eiwitten aan alle kanten live te bekijken.

Klik op deze schermafbeeldingen om ze te vergroten:

Wat betekenen de stippen op de wereldkaart?

Dit zijn de locaties van PS3's die Folding@home op dat moment draaien. Deze informatie wordt regelmatig ververst.

Wat is er nieuw in versie 1.2 firmware van Sony?

Met Sony's niet aflatende hulp, is de versie 1.2 van de Folding@home cliënt voor de PS3 tot stand gekomen. Nieuwe mogelijkheden en functionaliteiten die deel uitmaken van de (v 1.2) zijn:

• Support for Remote Play for PSP: Now Folding@home can be remotely operated through PSP utilizing the Remote Play feature of the PS3 system. With this feature, PS3 users are able to view on their PSP the exact same Folding@home information that is viewable on their PS3, complete with the map of the world and the protein their particular system is simulating.
• More Support for Additional Protein Simulations: Additional computation cores are now supported allowing Folding@home for PS3 to support a wider range of protein-folding simulations which further enhances the science needed to be performed to research diseases such as Alzheimer's disease.
• Screensaver Mode: A screensaver mode can now be activated via the Settings menu in the Folding@home application, allowing PS3 users to consume slightly less power and to increase performance of protein-folding simulations.
• Link to Project Description: A link has been added to the Information menu in the Folding@home application allowing users to quickly obtain additional information about the specific research project they are currently contributing to.
• Protein Visualization Enhancements: All visualization modes have been enhanced with improved shading, highlighting and focus effects, including:
  • Tapioca displays the protein as a smooth surface with improved shading and depth
  • Caviar displays the protein as a smooth surface with defined edges
  • Licorice displays only the protein's bonds and Backbone which emphasizes specific sections of the protein that are of the most scientific interest to researchers.
• Advanced Participation Mode: Advanced Participation Mode (APM) allows Stanford University to send experimental simulations of varying computational lengths to PS3 users, somewhat like using the -advmethods option in the PC client. Because the simulations in this mode may take significantly longer, APM is only recommended for contributors who run Folding@home for at least eight hours per day. However, APM work units may also be much smaller than typical work units, as need by the simulation.

Of particular excitement for us is the ability to have accelerated GB/SA simulations. We can now run calculations which were first run on FAH in October of 2000 at about 200x to 500x speed increase -- a pretty amazing feat and something we're very excited about. We are readying new GB work units to go out and will report on their progress as time goes on.

De 1.3 firmware van Sony, wat bracht die voor vernieuwingen?

Toen wij in de buurt kwamen van de een MILJOEN PLAYSTATION 3 consoles deelnemend aan het Folding@home programma, gingen wij door met het doorontwikkelen van de PS3 FAH cliënt. Gelijk met het updaten van de nieuwe Firmware v2.1 door Sony, verzorgden wij ook een nieuwe PS3 FAH cliënt update die automatisch gedownload kon/kan worden door op het FAH icoon te klikken. Deze opdate gaf de volgende nieuwe mogelijkheden:

Mocht U een van de mensen zijn, die uw PS3 een tijdje door laat draaien, na een spelsessie, dan hebben we een goede tip voor u:

• Go to Settings menu, select Automatic Shutdown and then After Current. You will see a little clock appearing on the top right hand corner of the screen. When this clock reaches zero, the machine will power off completely so you can sleep quietly through the night. In this option the machine will power off after sending the data back to Stanford University so your contribution to the project is maximized.
• You may also choose to shut down after a limited period of time (for example, 3 or 4 hours). To do that choose the Automatic Shutdown option and click on the “In 01h:00m” timer. You will now be able to change the timer settings. After rotating the timer to a new time, you should now see your selected timer appear at the top right corner of the screen. This timer will count all the way down to 0 and then power off the system.
• To disable active timer at any time, go to Settings, choose Automatic Shutdown and then Disable.

What’s a better Holiday addition to Folding than playing music? We’ve added a great feature in this version in the form of a background music player:

• To activate the music player select Music and then a channel. The channels are automatically populated with songs you have stored on your Hard Disk Drive! For holiday music I prefer to choose Dramatic (yeah!) and voila - music is playing.
• If you wish to skip to another track, just use a combination of X + left or right arrow. You can also change the channel by choosing X + up or down arrow. Happy listening!
• To stop music from playing, select Music again from the main menu and choose “disable.”
• Your music playback selection will be saved between consecutive runs of Folding@home.

Wij hopen dat deze verbeteringen er toe zullen bijdragen ook uw FAH "beleving" te verbeteren.

Wat is er weer bijgewerkt in de 1.3.1 firmware?

Versie 1.3.1 repareert een paar kritieke fouten van het netwerk protocol.

Voor meer info:

• FAH FAQ
• Folding Ondersteunings Forum

Laatst bijgewerkt op November 26, 2008, at 03:03 AM door Hans van der Leer