Over Folding@home

Pande lab Stanford Universiteit

Het Pande lab is de wetenschappelijke grondlegger van Folding @ home. Het lab maakt deel uit van de afdelingen Chemie en Structurele Biologie, de Stanford Universiteit en het Stanford Universiteits Medisch Centrum. Wij werken aan theorieën en simulaties van de manier waarop proteïnen zich vouwen en misvouwen, RNA, maar ook de manier waarop op nanoschaal, synthetische polymeren zich vouwen staat onder de aandacht. We hebben het project opgericht en de methodes ontwikkelt tot gebruik van gedistribueerde computer verwerking methoden. Dit alles om op de langere termijn, met uw hulp, dynamische studies te kunnen realiseren rondom proteïnen (eiwitten) vouwen. Wij ontwikkelen hiervoor de cliënt software en server codes om het Folding@home project te kunnen realiseren. De leden van de groep staan hieronder vermeld op onze webpagina.

SAMENWERKENDE ONDERZOEKCENTRA

Het draaiend houden en verder perfectioneren van FAH is een intensieve bezigheid. We hebben een lange weg afgelegd, indertijd begonnen wij met 2 a 3 mensen en mijn persoon. Op dit moment, zijn er binnen Pande Lab ongeveer 20 mensen werkzaam, die allen betrokken zijn bij dit project. Maar dat is bij lange na nog niet genoeg om snelle vooruitgang te kunnen boeken op belangrijke speerpunten om daarbij te helpen zijn we begonnen, de samenwerking te zoeken met andere onderzoekscentra.

Chong lab, University of Pittsburgh

The Chong groep gebruikt simulaties om de vele aspecten van proteïnen vouwen mogelijk te maken, in het bijzonder de ongestructureerde proteïnen en het gedrag van p53, een tumor onderdrukker, relevant bij Kanker (inderdaad ruwweg de helft van alle kankersoorten hebben te maken met varianten/mutanten van p53). De Chong groep helpt ons met het ontwikkelen van nieuwe AMBER core ontwikkeling (berekeningssoftware) voor Folding@home.

Dill lab, UCSF

Ken Dill en zijn lab Zij zijn eigenlijk de pioniers op het gebied van het bestuderen van proteïnen vouwen en andere biomoleculaire vragen. Wij werken samen met leden uit zijn team, voor wat betreft vrije energie berekeningen en structuur voorspelling.

Izaguirre Lab, Notre Dame

Het Izaguirre lab is geïnteresseerd in de problemen onderling en wel tussen biologie, computer wetenschap, en toegepaste reken technieken. Hun lab heeft het "Protomol MD package" ontwikkeld, en wij werken gezamenlijk om dit pakket te integreren binnen Folding@home. Protomol is een fantastische hulp bij het testen en doorontwikkelen van nieuwe algoritmes (rekenmethodieken) en zal waarschijnlijk in de toekomst waarschijnlijk zijn nut voor FAH gaan bewijzen.

Shirts lab, University of Virginia

Michael Shirts's groep van de University of Virginia ontwikkelen nieuwe simulatie methodes en gebruiken simulatie om de thermische eigenschappen te bestuderen van de kleinere moleculen. Zij werken met ons samen om nieuwe versies van de Gromacs core (type van core programmatuur/rekenmethodieken) verder te ontwikkelen.

Sorin lab, CSULB

Eric Sorin's groep Het CSULB gebruikt simulatie om proteine folding te bestuderen en hun gerelateerde gebieden. Zij werken gezamenlijk met ons om nieuwe "force field ports" te ontwikkelen voor de Gromacs.

Zagrovic lab, Mediterranean Institute for Life Sciences

Bojan Zagrovic's lab van het Mediterranean Institute for Life Sciences in Kroatië, is op vele gebieden geïnteresseerd, onder andere de experimentele structuur verfijning van proteïnen. Zijn groep helpt FAH met het ontwikkelen van nieuwe cliënt software.

WERELDWIJDE VRIJWILLIGERS

Een groot deel van onze steun komt natuurlijk van de wereldwijde vrijwilligers van de Folding @ home sofware gebruikers. Er zijn vele manieren waarop mensen ons helpen en geholpen hebben. Talloze mensen hebben bijgedragen aan het beantwoorden van elkaars vragen op het Forum en dat zijn er teveel om hier op te sommen. Toch hebben wij gemeend er een paar te willen noemen, welke enorm belangrijke bijdragen hebben geleverd.

MODERATORS

Wij zijn dankbaar voor al het werk dat de Folding Community Forum (FCF) moderators hebben gedaan (en nog doen) om het FCF soepel te laten verlopen en daarmee onze donoren te ondersteunen bij het "runnen" van de software van Folding@home. Bovendien zijn er verschillende moderators op het forum die ons ook helpen buiten het forum om, met inbegrip van beta-testen en zelfs helpen met deze webpagina's. Van bijzondere importantie zijn Bruce Borden's (Bruce) bijdragen in het algemeen, Wiebo Westerhoff (WW)voor de hosting van het forum en Tim Braun's (7im) grote inspanningen, ter verbetering van de FAH webpagina's.

VERTALERS

Natuurlijk willen wij OOK graag de talloze vertalers bedanken, die de Folding@home web pagina's in vele andere talen vertaald hebben.

SOFTWARE ONTWIKKELAARS

De vrijwillige software ontwikkelaars, vanuit de FAH gemeenschap, werken ook met ons samen. Deze ontwikkelaars zijn ons behulpzaam geweest bij het doorontwikkelen van onze eigen software, maar hebben ook programma's geschreven voor het project, die naadloos aansluiten bij de FAH software (3rd party utilities),deze kunt u vinden op het forum. In het bijzonder willen wij graag Andrew "Uncle Fungus" Schofield bedanken voor zijn bijdragen aan het project.

COMMMERCIELE PARTNERS

Wij werken nauw samen met bedrijven ten behoeve van vele van onze projecten. In het bijzonder hebben wij samengewerkt met commerciële partners om de verbetering van de diverse cliënten, core- en serversoftware verder door te kunnen ontwikkelen.

Intel (2001-2002)

Een van onze eerste partners was Intel, die ons hielp om Folding@home gedeeltelijk te financieren door hun liefdadigheids "Philanthropic Peer-to-peer Program".

Google (2001-2003)

Google nam deel in Folding@home via hun Google Compute cliënt voor FAH. "Google compute" werd in een additionele browser toolbar ingebouwd, dit was erg makkelijk, geen installatie alleen een "ja" als dit gevraagd werd.

Sony (2005-heden)

We hebben samengewerkt met Sony in verband met de Folding@home software voor de PS3. Dit hield in dat alle software vrijwel geheel opnieuw geschreven moest worden, speciaal het optimaliseren van de wetenschappelijke code om efficiënt te kunnen werken op hun PS3, was lastig. Het resultaat was een prachtige cliënt met een groot prestatievermogen.

ATI (2005-heden}

We werken nu al geruime tijd met ATI en hun videokaarten (GPU core). Dit begon met de GPU1 en is nu voortgezet in de GPU2 versie.

NVIDIA (2007-heden)

We hebben samengewerkt met NVIDIA aan hun deel van de GPU2 versie. In een samenwerkingsverband tussen NVIDIA's (Scott LeGrand) en het Folding@home team, is het gelukt onze code te optimaliseren en om deze samen te laten werken met hun CUDA.

Cauldrin Development (2007-heden)

Met Cauldron Development is er ook een prima samenwerking. (http://www.cauldrondevelopment.com/) Om de server code te herschrijven begonnen wij compleet opnieuw bij de basis. Dit heeft onze code veel betrouwbaarder gemaakt en is deze nu gemakkelijker uit te breiden. Dit is de grondslag, waar het Folding@home project zeker 10 jaar mee vooruit moet kunnen.

SUBSIDIES EN ONDERSTEUNING

Er zijn verschillende organisaties die ons werk financieel ondersteunen:

Sony's:

Het meest opvallende is dat een grootste deel van onze financiering komt uit de Verenigde Staten, het 'National Institute of Health (NIH) en de National Science Foundation (NSF). Wij bedanken ook (in alfabetische volgorde) Apple, ATI, Dell, Google, Intel en Sony voor hun steun in de loop der jaren. Ten slotte, zijn we gesteund door NIH Roadmap Centres Simbios en het Eiwitvouwing & Nanogeneeskunde Centrum.

Meer in het bijzonder, het impliciete solvatien werk (Tinker) wordt ondersteund door een subsidie van het National Institute of Health (R01GM62868 -01). Ons Gromacs werk (bv de research van de rol van water bij eiwitvouwing) werd onlangs gesteund door een subsidie van de National Science Foundation (NSF). Onze werkzaamheden met betrekking tot de vergelijking tussen de velden van kracht werd gesteund door de ACS PRF (36028 - AC4). De onderwijspagina’s werden gesteund door de NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677), zij betaalden voor de vrijheid , om High School leraar Tug Sezen een zomer in ons lab te laten werken.Hij schreef een FAH curriculum en hielp ons bij die nieuwe website.Het GPU en PS3 werk is gedeeltelijk ondersteund door Simbios (gesteund door het National Institute of Health door de NIH Roadmap for Medical Research Grant (U54 GM072970).

We hebben onlangs een royale subsidie gekregen in hardware kortingen van Dell, die ons in staat stelt een nieuw elan te realiseren tbv onze Folding@home servers (Distribueren en ontvangen van berekende Werkunits). We willen ook graag Google bedanken, voor hun steun door middel van het "Google Compute" programma. Wij zijn Intel ook erkentelijk voor hun hulp in het verleden dmv het "Intel Philanthropic Peer-to-peer-program". We willen Apple graag bedanken voor hun niet aflatende steun, vooral met de ontwikkeling van onze OS X cliënt en de ontwikkeling van Gromacs voor OS X. Tenslotte willen we Stanford University dank zeggen voor hun steun aan Folding@home, via oa subsidies van het Internet 2-programma, het Bureau van technologische Licensing, en een prijs van een "Terman Fellowship" aan Prof. Vijay Pande.

DIVERSE ONDERSTEUNING

COSM

Het Cosm project heeft een significante bijdrage geleverd aan Folding@home door het ontwikkelen van de netwerk bibliotheek (Mithral CS-SDK, welke gebruikt wordt om de cliënt en server codes verder te ontwikkelen. Adam Beberg is de drijvende kracht achter COSM, hoewel er verschillende mensen betrokken zijn bij deze ontwikkeling.

TINKER

The protein dynamics part of the Folding@home code is a modified version of TINKER, a powerful molecular dynamics program written by Jay Ponder's lab (in the Dept. of Biochemistry & Molecular Biophysics located at the Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri.). Their continual advancement of their code, including significant speed improvement in the upcoming version, will translate into further advancements in Folding@home. Please see his site for more details. If you would like to "tinker" with his source, please read and sign his license agreement.

GROMACS

Recentelijk hebben wij een zwaar gemodificeerd Gromacs simulatie pakket toegevoegd aan Folding@home. Wij zullen de ontwikkelingen voortzetten met de Gromacs ontwikkelaars ter verdere verbetering.oor meerdere details, neem eens een kijkje op onze speciale Gromacs pagina.

OVER HET LOGO

Ons logo is een abstracte weergave van ons doel: vanaf gecodeerde opeenvolgende proteïnen in het genoom tot de structuur van de proteïnen zelf. De dubbele spiraallijn, aan de linkerkant van het (oude)logo, duid het genoom aan (DNA is een dubbel spiraalvormige molecuul)en de pijlen aan de rechterkant zijn een weergave van de structuur van de proteïnen (in de beta versie wordt dit weergegeven als linten met pijlen).

Recentelijk hebben wij deze huisstijl geadopteerd

Graag willen wij Mark Lowe en Rob Goodlatte bedanken voor al hun hulp bij het logo ontwerp en het vernieuwen van de website. Ook willen wij Po' Smedley niet vergeten, voor het ontwerpen van de iconen op de website.

OVER DE SCHERMSPAARDER

De schermspaarder laat actuele visualisaties zien van de simulatie die door u verwerkt wordt. De moleculen die "getekend" worden zijn dus van de atomische vouwing simulatie van het proteïne dat op UW computer verwerkt wordt en het "stuk taart" aan de linkerzijde, laat de voorgang van de werk unit zien.(Nog niet direct correct bij het starten, maar even later is deze info accuraat omdat er eerst gemiddelden berekend moeten kunnen worden)
Er zijn momenteel vier visualisatie modes: Ruimte-vullend, bal-en-stok, draadmodel, en alfa-sporen. In bal-en-stok, is elke kleine bal een atoom, en de stokjes verbinden tussen de atomen. In het vullen van het ruimte-model,staat elke gevuld bol voor de aanpassing van het volume dat de elektronen bezetten rond elk atoom. In wireframe modus, worden alleen de verbindingen getrokken, maar met de hoekpunten gekleurd om de identiteit van het atoom aan te geven. In alle, naar alfa-tracing, worden de koolstof atomen getekend in donkergrijs, waterstof atomen zijn getrokken in het licht grijs, zuurstof atomen zijn gemaakt in de kleur rood, stikstof atomen worden weergegeven in het blauw en zwavel atomen zijn getrokken in geel. In het alfa-sporen model, wordt er maar een atoom (de alfa-koolstof) getoond per aminozuur residu, om dit te benadrukken van de algemene regeling van het peptide of eiwit.

Laatste Update October 13, 2008, at 03:36 PM door Hans van der Leer