Au sujet de Folding@home
LE GROUPE PANDE, DÉPARTMENT DE CHIMIE, UNIVERSITÉ DE STANFORD
Le groupe Pande conduit une recherche théorique mais aussi via des simulations sur la façon dont se plient les protéines, l’ARN et les polymères synthétiques à nano-échelles. Nous avons élaboré une méthode de dynamiques d’ensemble et des applications pour simuler le repliement des protéines et avons développé le logiciel client et le serveur du projet Folding@home.
Current Group Members
Prof. Vijay S. Pande
(CV) | Director of Folding@Home | Associate Professor of Chemistry and of Structural Biology | 
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| Sergio Bacallado | Markovian models & statistics | graduate student, Structural Biology Dept 2007- | 
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| Kyle Beauchamp | Markovian models, protein folding, RNA folding | graduate student, Biophysics program 2008- |
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| Adam Beberg | Distributed computing | Graduate student, Computer Science, 2005-. Folding@home 1999-. | 
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| Greg Bowman | RNA folding & protein folding | graduate student, Biophysics program 2006- |
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| Dan Ensign | Protein folding | SGF Fellow 2005- | 
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| Mark Friedrichs | GPU coding, AMOEBA | Staff, 2006- |
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| Imran Haque | Small molecule design | Graduate student, Computer Science, 2007- |
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| Xuhui Huang | RNA folding,sampling algorithms | Postdoc, Simbios Center; 2006- |
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| Dr. Peter Kasson | Lipid vesicle fusion | Postdoctoral Fellow 2006- |
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| Nick Kelley | lipid membrane simulation | Graduate student, Biophysics Program, 2001- |
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| Dr. Kai Kohlhoff | Simulation of GPCRs, GPU programming | Postdoctoral fellow, Simbios 2009- | 
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| Dr. Yu-Shan Lin | Folding simulation, Alzheimer's Disease | Postdoctoral fellow, Chemistry Dept 2009- |
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| Del Lucent | Protein folding | Graduate student, Biophysics Program, 2005- |
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| Paul Novick | Drug design, Alzheimer's Disease | Research assistant, 2007- |
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| Dr. Martin Stumpe | Chaperonins, solvent effects on protein stability | Postdoctoral fellow, Simbios 2009- | 
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| Dr. Vincent Voelz | Protein folding, multiscale modeling, ribosome | Postdoctoral fellow , Chemistry Dept, 2007- | 
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| Jason Wagoner | Water models, free energy calculation | Graduate student, Chemistry, 2006- |
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Former group members
| Ian Baker | alanine folding | undergradute, Chemistry Dept, 2000-2002. Graduated from Stanford, BA Chemistry | 
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| Dr. Relly Brandman | drug design | Graduate student, BioX Fellow, Molecular Pharmacology, 2002-2009; now at Simprota |
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| Dr. Kim Branson | Drug design | Postdoctoral Fellow, 2006-2009; now at Vertex Pharmaceuticals |
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| Dr. Jim Cladwell | RNA folding, polarizable ff | Staff Scientist, Chemistry Dept, 2003-2005 | 
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| Dr. John Chodera | Protein folding, free energy calculation | Postdoctoral fellow, Chemistry Dept, 2006-2008; now a QB3 Fellow at UC Berkeley | 
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| Prof. Lillian Chong | protein folding | Postdoc, Chemistry Dept, 2002-2006. Presently a Prof. at University of Pittsburgh | 
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| Dr. Sidney Elmer | non biological polymers | Graduate student, Chemistry Dept, 1999-2005 | 
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| Dr. Mark Engelhardt | RNA folding | Graduate student, Biochemistry Dept, 2003-2006. Currently a postdoc at U. Toronto | 
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| Dr. Jeremy England | protein folding | Graduate student, physics, Hertz Foundation Fellow 2006-2009; now a fellow at Princeton University |
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| Dr. Guha Jayachandran | protein folding, ligand binding | Graduate student, CS Dept, NDSEG Fellow; 2002- | 
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| Dr. Rajdas Jayakumar | Alzheimer�s Disease | Staff, 2006-2008. |
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| Siraj Khaliq | Folding@Home 1.x development; 2.x architecture, development | Master student, 2000-2002. Presently at Google. | 
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| Dr. Stefan Larson | protein design, Genome@Home | Graduate student, Biophysics Program, James Clark Fellow, 2000-2004. Presently a consultant at McKinsey. | 
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| Dr. Sung-Joo Lee | Coarse grained models for RNA | Postdoctoral Fellow, Chemistry Department, 2003-2005. Presently a group leader at LG Pharmaceuticals. | 
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| Dr. Edgar Luttmann | Protein aggregation | Postdoctoral Fellow, Chemistry Dept, 2005-2008. | 
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| Brad Nakatani | RNA folding | Masters student, Chemistry Dept, 1999-2003 |
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| Dr. Sanghyun Park | Free energy methods, collagen folding | Postdoc, Chemistry Dept, 2004- 2007. Presently a fellow at Argonne National Lab/U. Chicago. | 
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| Dr. Paula Petrone | Ribosome | Graduate student, Biophysics Dept, 2004-2009; now at Novartis | 
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| Prof. Young Min Rhee | thermodyanmics simulation methodology, Folding@Home | Graduate student, Chemistry Dept, Stanford Graduate Fellow, 2001-2005. Currently a professor at the Chemistry Dept at POSTECH, Korea. | 
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| Alex Robertson | Protein folding | Undergraduate student, Chemistry Dept, 2005-2008. Now a graduate student at MIT Chemistry |
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| Tug Sezen | Education pages | Visiting teacher, summer 2002. Presently teaching at Freedom High School. | 
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| Prof. Michael Shirts | thermodyanmics simulation methodology, Folding@Home | Graduate student, Chemistry Dept, Stanford Graduate Fellow, Hertz Fellow, 2000-2005. Currently a professor at University of Virginia, Chemical Engineering Department. | 
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| Prof. Nina Singhal | Markov State Models | Graduate student, Computer Science Dept, Stanford Graduate Fellow, 2001-2007. Currently a professor at the University of Chicago in the Departments of Computer Science and of Statistics. |
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| Prof. Eric Sorin | RNA folding, protein folding, Folding@Home | Graduate student, Chemistry Dept, DOE CGSF Fellow, 2000-2007. Currently a professor of Chemistry at California State University Long Beach. | 
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| Dr. Chris Snow | protein folding kinetics, Folding@Home | Graduate student, Biophysics Program, HHMI Fellow,2001-2006. Currently a postdoc at Frances Arnold's group at Caltech. | 
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| Dr. Vishal Vaidyanathan | Protein folding | Graduate student, Chemistry Dept, 2001-2007. Currently working at Goldman-Sachs. | 
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| Dr. Bojan Zagrovic | protein folding, mean structure hypothesis | Graduate student, Biophysics Program, HHMI Fellow, 2000-2004. Presently a Professor/Institute Director in Croatia. | 
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(Last modified March 17, 2008, at 05:15 PM)
FINANCEMENT ET SOUTIEN
Nous voulons également remercier les entreprises et agences suivantes pour leur soutien à Folding@Home. Le travail de résolution implicite (Tinker) est financé par une subvention des Instituts Nationaux de Santé (R01GM62868-01). L’opération Gromacs (c-à-d la recherche sur le rôle de l’eau dans le repliement des protéines) a reçu récemment le soutien financier de la Fondation Nationale de la Science (National Science Fondation). Notre travail de comparaison entre les champs de force a été soutenu par l’ACS PRF (36028-AC4). Les pages Education ont été financées grâce au soutien des organismes suivants : NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677), qui ont rémunéré le professeur de Tug Sezen afin qu’il passe un été dans notre laboratoire à élaborer une histoire du projet Folding@Home et à aider à la création des pages internet.
Nous avons reçu récemment l’aide généreuse de Dell sous forme de rabais sur le matériel informatique, ce qui nous a permis de réinstaller notre serveur pour Folding@Home. Nous voulons aussi remercier Google pour leur soutien à travers le Google Compute program. Nous souhaitons aussi dire merci à Intel pour leur aide dans le passé via le Intel Philanthropic Peer-to-peer Program. Nous remercions aussi Apple pour leur soutien sans relâche, notamment pour le développement de notre logiciel client OS X et celui de Gromacs OS X. Enfin, nous voulons remercier l’ université de Stanford pour son soutien à Folding@Home par l’octroi de subventions via le programme Internet 2, l’Office of Technological Licensing, et l’attribution au Professeur V.Pande du Terman Fellowship .
Cosm
Le projet Cosm a contribué de manière significative à Folding@home en développant la bibliothèque par réseau (Mithral CS-SDK) qui a servi à développer le serveur client le codage du serveur. Adam Beberg joue un rôle majeur dans le projet Cosm, plusieurs autres personnes sont également engagées dans son développement.
TINKER
Le codage de la partie correspondant à la dynamique des protéines dans Folding@home est une version modifiée de TINKER, un programme puissant sur la dynamique des molécules écrit par les membres du laboratoire de Jay Ponder (dans le Dept. Biochemistry & Molecular Biophysics situé à la Washington University School of Medicine à St. Louis, Missouri.). La progression continuelle de leur codage, y compris l’amélioration significative de la vitesse dans la version à venir, se traduira par une plus grande avancée pour Folding@home. N’hésitez pas à visiter leur site pour plus de détails. Si vous souhaitez bricoler ou "tinker" (en anglais) avec leur source, lisez et signez leur licence.
Gromacs
Nous avons récemment intégré et lourdement modifié l’ensemble de simulation moléculaire Gromacs dans le projet Folding@Home. Nous continuons à travailler avec les développeurs de Gromacs pour l’améliorer encore. Pour plus de détails, visitez notre page Gromacs.
Emplois at Folding@home: postes de niveau post–doctoral ouverts
Intéressé dans la théorie et la simulation en biologie moléculaire ? Avez-vous une thèse en physique, chimie, biologie structurale, ou dans un domaine en relation ? Connaissez-vous le langage C, FORTAN, Perl, HTML, et Linux ? Si c’est le cas, nous recherchons des bons post-docs pour intégrer le groupe Pande (à l’université de Stanford) pour Folding@home et les projets associés. Envoyez un courriel contenant un état succinct de votre profil ou un CV au Professeur Pande .
A propos du logo
Notre logo est une représentation abstraite de notre but : partir de la séquence de la protéine inscrite dans le génome pour atteindre la structure de la protéine elle même. La double hélice à gauche dans le logo symbolise le génome (L’ADN est une molécule bi-hélicoïdale) et les flèches à droite représentent la structure de la protéine (la struture bêta sheet est souvent dessinée comme un ruban avec des flèches).
Nous avons récemment actualisé le look :
Merci à Mark Lowe pour son aide pour le re-design du logo et du site.
Au sujet de l’économiseur d’écran
Notre économiseur d’écran permet de voir la simulation telle qu’elle est en train de se produire. La molécule représentée est une configuration atomique courante ("fold") de la protéine en simulation sur votre ordinateur. La barre de progression sur la gauche montre la progression en cours de l’unité de travail.
Il y a actuellement quatre modes de visualisation : dans l’espace (space-filling), boules et bâton (ball-and-stick), schéma des liaisons (wireframe), et l’alpha-trace. Dans la visualisation dite ball-and-stick, chaque petite boule représente un atome tandis que chaque bâton représente une liaison entre atomes. Dans le modèle appelé space-filling, chaque sphère pleine représente le volume approximatif que les électrons occupent autour de chaque atome. En mode wireframe, seules les liaisons sont dessinées, mais les couleurs permettent d’identifier la nature des atomes. Dans tous les modes excepté l’alpha-trace, les atomes de carbone sont en gris foncé, les atomes d’hydrogène sont en gris clair (à part certains atomes d’hydrogène qui ne sont pas représentés), les atomes d’oxygène sont en rouge, ceux de nitrogène en bleu, enfin, les atomes de sulfure .amd sont en jaune. Dans le modèle alpha-trace, un atome seulement (le carbone alpha) est représenté par résidu d’acide aminé, cela en vue de mettre en avant l’assemblage d’ensemble du peptide ou de la protéine.